差别就一条
官网直接下载的版本（Developer ID 签名）支持数据线直连：手机用 USB 连到 Mac，不经过局域网也能传。
Mac App Store 版本没有这条路径——不是被禁用了，是编译时就没有编进去。
其余能力两个版本完全一致：投屏、剪贴板、文件、相册、桌面卡片、自动重连，一样都不少。付费也是同一套。
为什么 App Store 版本不能有
上架 Mac App Store 的应用必须运行在沙盒里。沙盒是一份明确的权限清单：能访问哪些目录、能建立哪些网络连接、能不能和其他进程通信，全部要事先声明并经过审核。
数据线直连需要的能力越出了这份清单——它要和系统里负责设备通信的组件打交道，而这类访问在沙盒中没有对应的授权项可以申请。不是申请了被拒，是没有这个申请项。
所以这条路径在 App Store 版本里被整体编译剔除，而不是留一个点了会失败的按钮。留着一个永远失败的入口，只会让人以为是自己的线有问题。
该选哪个
绝大多数人选 App Store 版本。自动更新、系统自带的安全校验、买断和订阅都走 Apple 的账单，出问题可以直接退款。日常用局域网连接完全够。
这几种情况考虑官网版本：你常在 AP 隔离的网络里（公司、酒店、咖啡馆），或者需要在完全没有 Wi-Fi 的环境下传输，又或者你就是不想让这类数据经过任何无线链路。
两个版本可以先后装，但要注意：它们各自保存自己的配对凭据。从一个换到另一个，手机需要重新扫一次码——因为对手机来说，那是两台不同的 Mac。
数据线这条路的实际体验
它不是「插上就自动连」。手机需要开启开发者选项里的调试开关，Mac 需要保持一个转发通道，连接本身仍然要走一次配对确认。这套流程比扫码复杂，所以它是备用路径而不是主力。
好处是确定性：不依赖路由器的配置，不受组播过滤影响，速度也不看无线环境的脸色。在一个连不上的网络里，它常常是唯一还能用的那条路。